Tijdens het rectoraat van Regnerus Praedinius, in het midden van de 16e eeuw, genoot zij grote vermaardheid en trok leerlingen uit Duitsland, Italië, Spanje, Frankrijk en Polen. In 1595, onder het rectoraat van Ubbo Emmius, in 1614 stichter van de hogeschool te Groningen, werd de school, die toen de naam Latijnse School droeg, overgebracht naar het voormalig Minderbroederklooster.

In 1847 werd de Latijnse School omgezet in een gymnasium en kreeg zij de naam Stedelijk Gymnasium. Het oude klooster was in 1861 zo bouwvallig geworden dat men de lessen moest geven in het gebouw Minerva, op de plaats waar nu de Harmonie staat.
In 1865 werd een nieuw onderkomen gevonden aan de westzijde van het Martinikerkhof. De ingang was in het Kreupelstraatje. Op 1 september 1882 betrok de school op het terrein van het arsenaal aan het Schuitendiep het gebouw waar zij nu nog gevestigd is. Bij het eeuwfeest van de school als gymnasium in 1947 kreeg zij van het gemeentebestuur de naam Praedinius Gymnasium. De verbouwing en modernisering van begin jaren ’70 bleek al spoedig niet voldoende: door de grote groei van het aantal leerlingen moest uitgeweken worden naar uiteenlopende locaties. 

Na ruim twintig jaar van omzwervingen en inwoning bij andere scholen,  beschikt de school sinds augustus 1999 over een volwaardig tweede gebouw, de voormalige Industrieschool aan de Kruitlaan die geheel verbouwd is en aangepast aan de nieuwste onderwijskundige ontwikkelingen. Zo bevindt zich in beide gebouwen een studieruimte en is er in de Kruitlaan een grote mediatheek.