Het Praedinius is een gymnasium. Dit betekent dat naast de verplichte vakken in de vrije ruimte de klassieke talen Latijn en Grieks worden gegeven, evenals de voor het vwo verplichte derde moderne vreemde taal.

Klas 1, 2 en 3 vormen de onderbouw, klas 4, 5 en 6 de bovenbouw.

Al in de brugklas wordt het onderwijs op gymnasiaal niveau gegeven.

Aan het einde van het tweede jaar brengt de school een advies uit met betrekking tot de verdere schoolloopbaan.

Tot en met klas 3 volgen alle leerlingen hetzelfde programma, waarin beide klassieke talen verplicht zijn.

In klas 4 kunnen de leerlingen kiezen uit vijf stromen en in klas 5 en 6 uit één van de vier verplichte profielen.

In elk profiel is een van de klassieke talen verplicht. De keuzes die gemaakt zijn voor de invulling van de vakken in het algemene deel, de profielvakken en de vakken in de vrije ruimte hebben mede tot doel het gymnasiale karakter te garanderen. Zo is in klas 4 filosofie een verplicht vak.