De mentor is de spil van de begeleiding.
Naast signalering van problemen door personeel, medeleerlingen en ouders beschikt de mentor voor het begeleiden van leerlingen over gegevens die verkregen zijn uit verschillende tests gedurende de schoolcarrière.
Ook de leerlingenbesprekingen zijn een bron van informatie over hoe het met een leerling gaat. Blijkt  dat een probleem de competentie van de mentor te boven gaat dan kan deze, in overleg met de jaarcoördinator, besluiten de leerling aan te melden bij het begeleidingsadviesteam. Hierin hebben de orthopedagoge en de coördinator leerlingbegeleiding zitting.
Afhankelijk van de ingebrachte informatie kan dit team besluiten direct of na nader onderzoek de leerling één van de beschikbare hulpkaders aan te bieden, dan wel een individueel handelingsplan op te stellen of eventueel professionele hulp te adviseren. 

Hulpkaders
De leerling waarbij (niet al te ernstige) problemen zijn geconstateerd van sociaal-emotionele aard kan de volgende hulp geboden worden: begeleiding door de aan de school verbonden orthopedagoge, een training in het omgaan met faalangst of een cursus sociale vaardigheden. Leerlingen met een autisme spectrum stoornis (ASS) kunnen eventueel begeleid worden door een “extra” mentor.
Voor leerlingen met motivatieproblemen heeft de school expertise ontwikkeld op het gebied van begeleiding van (begaafde) leerlingen die onderpresteren. Dit gebeurt in de vorm van individuele gesprekken of bijeenkomsten in een groep.
Daarnaast kunnen leerlingen in de klassen 1, 2 en 3 de huiswerkklas volgen evenals extra vakhulplessen.
In de bovenbouw is voor leerlingen, die moeite hebben met gestructureerd studeren, begeleiding in de vorm van zelfsturende studiegroepjes in ontwikkeling.
In klas 1 worden de leerlingen gescreend op mogelijke dyslexie. Mocht hier sprake van zijn, dan hebben ze recht op (beperkte) voorzieningen.
De beide decanen begeleiden de leerlingen bij de profielkeuze en de beroepskeuze in klas 3 tot en met 6. 

Externe Hulp

Verwijzing naar externe instanties kan nodig zijn in geval de hulp die een leerling nodig heeft de mogelijkheden van de school te boven gaat.
Om in deze gevallen te komen tot een weloverwogen advies voor externe hulp komt ongeveer één maal per 6 weken het zogenaamde Zorg Team bijeen op school.
Hierin hebben het begeleidingsadviesteam van de school en vertegenwoordigers van Bureau Jeugdzorg, Lentis/Jonx (voorheen GGZ), GGD (de schoolarts), een leerplichtambtenaar zitting en een schoolmaatschappelijk werker zitting. 

In sommige gevallen worden leerlingen buiten school begeleid. Ook dan vindt regelmatig overleg met de school (mentor en/of orthopedagoog) plaats.
Ook voor leerlingen met een leerling-gebonden financiering zijn er regelmatig bijeenkomsten met alle betrokkenen (intern en extern), waarbij de orthopedagoog voorzit. 

Begeleiding van (hoog)begaafde leerlingen

Deze begeleiding neemt sinds 1998 een belangrijke plaats in binnen de school. Het is immers ook de zorg van de school om de begaafde leerlingen een opleiding te bieden die bij hun capaciteiten en interessen past. Voor deze leerlingen zijn de volgende faciliteiten beschikbaar of in ontwikkeling:

• het verbredingsproject (zie Hoofdstuk Onderwijs in de onderbouw)
• begaafde leerlingen kunnen in sommige gevallen extra PG+ lessen volgen
• een groep leerlingen neemt onder begeleiding van de coördinator ICT deel aan het projectL3D, waarin leerlingen andere leerlingen en docenten doceren in het maken van driedimensionale werelden die gebruikt kunnen worden als virtuele leeromgevingen. De deelnemers raken zo meer betrokken bij hun eigen leren en hebben er meer plezier in
• In samenwerking met de Open Universiteit krijgen onze leerlingen uit klas 4, 5 en 6 de mogelijkheid om deel te nemen aan een pre – university programma: speciaal geselecteerde modules uit het propedeuse programma van alle studierichtingen van de Open Universiteit. Hierbij kunnen alvast studiepunten worden behaald die vrijstellingen kunnen opleveren voor een verdere universitaire opleiding.

Sinds september 2005 is de school betrokken bij het in het schooljaar 2004-2005 bij CPS te Amersfoort gestarte project Begaafdheidsprofielscholen.

In dit door het ministerie van OCW gestimuleerde project is het de opzet om in de komende jaren te komen tot een landelijk dekkend netwerk van ca. 25 begaafdheidsprofielscholen voor voortgezet onderwijs. Al deze scholen zullen dan gekenmerkt worden door kwalitatief hoogwaardig onderwijs en begeleiding aan de specifieke groep van hoogbegaafde leerlingen.  

Sinds maart 2008 is het Praedinius Gymnasium gecertificeerd als begaafdheidsprofielschool.

Doel
De huiswerkklas geeft leerlingen die thuis moeilijk aan het werk kunnen komen, niet voldoende discipline hebben of snel afgeleid zijn, de gelegenheid onder toezicht te werken. Docenten en zesde klassers bieden vakhulp en controleren het huiswerk.
De huiswerkklas is echter geen officieel huiswerkinstituut, waar veel meer individuele aandacht van de begeleiders gevraagd kan worden.

Tijd:  Dinsdag- en donderdagmiddag van 14.30 tot 16.00 in K 24 en K 25.

Eerder weggaan wordt niet toegestaan. Is het huiswerk voor de volgende dag klaar, dan maakt men huiswerk voor een later tijdstip of werkt zwakke vakken bij. Op deze manier leert de leerling van te voren na te denken over de vulling van de middag en ook de juiste boeken bij zich te hebben.
Wie opgegeven wordt, of zich vrijwillig aanmeldt, doet voor beide middagen mee, tenzij dat grote problemen oplevert.
De huiswerkklas gaat het hele jaar door. Uitval wordt altijd tijdig op PG TV aangekondigd.

Lesuitval
Soms valt een les uit waardoor de huiswerkklas niet meer aansluit. In dat geval gaat de leerling (bijv.) in de mediatheek aan het werk en laat het resultaat daarna aan de begeleider zien. Als alles duidelijk in orde is kan de leerling eerder naar huis.

Opgave
In de rapportvergadering verwijzen de docenten een leerling naar de huiswerkklas. In overleg met de leerling geeft de mentor hem/haar vervolgens op. Als een leerling zelf graag mee wil doen mag dat ook, maar dit houdt geen vrijblijvende deelname in.
Ouders die hun kind naar de huiswerkklas willen sturen, kunnen dit uitsluitend via de mentor of coördinator aanvragen.